Theo thể thức bốc thăm, 4 đội bóng đến từ Lào, Campuchia, Brunei và Myanmar phải tham dự các trận play-off. Bốn đội được bốc thăm thành 2 cặp, thi đấu theo thể thức lượt đi và về trên sân nhà và sân khách. Đội thắng trong từng cặp đấu sẽ giành quyền tham dự vòng bảng. Kết quả bốc thăm trận Play-off 1: Young Elelphants FC (Lào) gặp Svay Rieng FC (Campuchia); Play-off 2 Kasuka FC (Brunei) - Shan United (Myanmar). Trận lượt đi diễn ra vào ngày 17/07 và lượt về 24/07.
Sau phần bốc thăm 2 trận play-off, Ban tổ chức đã tiến hành bốc thăm hai bảng đấu. Kết quả, CLB Đông Á Thanh Hoá – đương kim vô địch Cúp quốc gia Việt Nam nằm ở bảng A cùng với Pathum United (Thái Lan), Terengganu FC (Malaysia), PSM Makassar FC (Indonesia) cùng 2 đội thắng ở trận Play-off 1, Play-off 2. Trong khi đó, CLB Công an Hà Nội - đương kim vô địch V.League nằm ở bảng B cùng với Buriram United FC (Thái Lan), Kuala Lumpur City FC (Malaysia), Borneo FC Samarinda (Indonesia), Kaya FC – Iioilo (Philippines) và Lion City SailorsFC (Singapore).
Giải vô địch các CLB Đông Nam Á Shopee Cup 2024/25 sẽ diễn ra từ ngày 17/07/2024 đến ngày 21/05/2025. Các đội thi đấu vòng tròn một lượt trên sân nhà hoặc sân khách tại vòng bảng để tính điểm xếp hạng, chọn ra hai đội nhất - nhì mỗi bảng vào thi đấu bán kết và sau đó là chung kết.
