Ông Cao Anh Tuấn, Thứ trưởng Bộ Tài chính cho biết: Từ năm 2020 đến nay, Bộ Tài chính đã trình cấp có thẩm quyền và ban hành nhiều văn bản quy phạm pháp luật liên quan đến lĩnh vực thuế và hải quan. Do tác động của dịch Covid 19 cùng với xung đột trên thế giới ảnh hưởng không nhỏ đến hoạt động của các doanh nghiệp trong nước, một số doanh nghiệp đã phải đóng cửa do khó khăn trong tìm kiếm bạn hàng, thiếu nguyên liệu sản xuất…. Tuy nhiên, các doanh nghiệp vẫn cố gắng duy trì và phát triển. Tới thời điểm này, số thu ngân sách đạt hơn 97% dự toán năm 2023.
Trong phần đối thoại với các doanh nghiệp, có tới hơn 30 vấn đề được các doanh nghiệp nêu ra với cơ quan Thuế và Hải quan, trong đó việc hoàn thuế giá trị gia tăng nhận được sự quan tâm của một số doanh nghiệp.
Công ty TNHH công nghệ Pinshine Việt Nam băn khoăn về việc hoàn thuế đầu tư trong giai đoạn đầu tư. Đại diện doanh nghiệp cho biết: Kết thúc giai đoạn đầu tư năm 2020, công ty đã không ghi vào chỉ tiêu, sau đó một thời gian đã bổ sung. Thế nhưng đã hơn 3 năm qua, dù thủ tục đã đầy đủ nhưng đơn vị chưa được hoàn thuế. Giải đáp nội dung này, bà Lê Thị Duyên Hải, Vụ trưởng Vụ Kê khai, kế toán thuế, Tổng cục Thuế cho biết: Do chưa nắm rõ hồ sơ của doanh nghiệp nên chưa có câu trả lời chính xác tại thời điểm này. Theo thông tin bà Hải nắm được, năm 2019, doanh nghiệp xây dựng nhà xưởng, năm 2020, kết thúc đầu tư và đi vào hoạt động. Theo quy định tại Luật Thuế Giá trị gia tăng và các văn bản hướng dẫn thi hành, doanh nghiệp sẽ được hoàn thuế giá trị gia tăng khi đáp ứng các điều kiện: Các chi phí đầu vào của dự án đầu tư đủ điều kiện khấu trừ thuế. Đồng thời, chi phí của dự án đầu tư đó trong giai đoạn đầu tư đối với dự án chưa hoàn thành, chưa đi vào hoạt động. Nếu đã hoàn thành và đã đi vào hoạt động. Thông tư hướng dẫn thuế giá trị gia tăng đã hướng dẫn: Khi dự án đầu tư đi vào hoạt động, doanh nghiệp được kết chuyển thuế giá trị gia tăng dự án đầu tư để bù trừ vào sản xuất kinh doanh đang thực hiện và sản xuất đầu ra của hoạt động sản xuất kinh doanh. Đối với việc kê khai, Nghị định 126 quy định: Nếu đã hoàn thành đi vào hoạt động, về nguyên tắc, chỉ được quyền hoàn thuế khi chưa kê khai bổ sung năm 2020 trong điều kiện số thuế VAT của dự án đầu tư chưa bù trừ cho hoạt động sản xuất kinh doanh. Để giải quyết triệt để, doanh nghiệp cần liên hệ với Tổng cục Thuế để được hướng dẫn cụ thể.
Công ty Sakurai Việt Nam (doanh nghiệp 100% vốn đầu tư của Nhật Bản) cũng thắc mắc về việc hoàn thuế đầu tư. Trả lời câu hỏi này, lãnh đạo Tổng cục Thuế cho biết: Theo quy định về thuế giá trị gia tăng, doanh nghiệp chế xuất không phải nộp hồ sơ xuất khẩu để kê khai và nộp thuế theo quy định về thuế giá trị gia tăng và không được hoàn thuế giá trị gia tăng (theo quy chế của khu chế xuất). Khoản 4 Điều 26 Nghị định 35/2022 quy định về quản lý khu công nghiệp và khu kinh tế, doanh nghiệp chế xuất được bán, thanh lý vào thị trường nội địa và tài sản đã qua sử dụng và các hàng hóa theo quy định thì không áp dụng chính sách hàng hóa xuất nhập khẩu mà dùng hóa đơn theo hàng hóa đối với khu phi thuế quan.
Đại diện Công ty cổ phần thương mại xuất nhập khẩu toàn cầu An Phát cho biết, doanh nghiệp đã 32 lần xuất khẩu tinh bột sắn, cả 32 lần, doanh nghiệp đã làm thủ tục hoàn thuế giá trị gia tăng nhưng tới nay qua 4 năm vẫn chưa được hoàn thuế. Ông Đặng Ngọc Minh, Phó Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế cho hay: Vấn đề của Công ty cổ phần thương mại xuất nhập khẩu toàn cầu An Phát là câu chuyện dài trong thời gian qua liên quan đến việc hoàn thuế của một trong những doanh nghiệp về tinh bột sắn, thuộc lĩnh vực rủi ro. Đây cũng là lần thứ 2, lãnh đạo Tổng cục Thuế được nghe công ty “kêu” về việc hoàn thuế. Về vấn đề này, Bộ Tài chính đã có văn bản gửi Ban Dân nguyện thuộc Ủy ban Thường vụ Quốc hội. Hiện cơ quan thuế chưa hoàn thuế với yêu cầu hoàn thuế của Công ty cổ phần thương mại xuất nhập khẩu toàn cầu An Phát là căn cứ vào đánh giá rủi ro qua trao đổi thông tin với cơ quan quản lý của Trung Quốc. Vướng mắc của công ty đã được gửi tới Cục Thuế Hà Nội và đơn vị Thuế đã giải quyết khiếu nại. “Quan điểm của Bộ Tài chính, Tổng cục Thuế là công ty nên tiếp tục vận dụng quyền và nghĩa vụ của mình căn cứ vào tố tụng hành chính, chúng tôi sẵn sàng giải quyết khi có phán quyết. Còn về đánh giá rủi ro, trong thực tế hồ sơ cụ thể thuộc thẩm quyền của Cục Thuế Hà Nội và Cục Thuế địa phương đã có văn bản trả lời, chúng tôi đã có báo cáo Ban Dân nguyện để giải trình những vấn đề vướng mắc của Công ty cổ phần thương mại xuất nhập khẩu An Phát. Công ty hoàn toàn có quyền thực hiện theo quy định của pháp luật” - ông Đặng Ngọc Minh nói.
