Một trong những nội dung đáng chú ý tại Thông tư là quy định bệnh do vi rút HPV (Human Papilloma Virus) ở người thuộc danh mục bệnh phải sử dụng vắc xin, sinh phẩm trong tiêm chủng bắt buộc thông qua hoạt động của Chương trình tiêm chủng mở rộng.
Cụ thể, Điều 3 Thông tư 13/2026/TT-BYT quy định danh mục 14 bệnh phải sử dụng vắc xin, sinh phẩm trong tiêm chủng bắt buộc gồm: Bệnh viêm gan vi rút B; Bệnh lao; Bệnh bạch hầu; Bệnh ho gà; Bệnh uốn ván; Bệnh bại liệt; Bệnh do Haemophilus influenzae týp b; Bệnh sởi; Bệnh rubella; Bệnh viêm não Nhật Bản; Bệnh tiêu chảy do vi rút Rota; Bệnh do phế cầu; Bệnh do vi rút HPV ở người; Bệnh khác theo quy định của Bộ trưởng Bộ Y tế.
Bên cạnh đó, Thông tư cũng quy định danh mục 11 bệnh phải sử dụng vaccine, sinh phẩm bắt buộc trong tiêm chủng chống dịch bao gồm: Bệnh bạch hầu; Bệnh bại liệt; Bệnh ho gà; Bệnh rubella; Bệnh sởi; Bệnh tả; Bệnh viêm não Nhật Bản; Bệnh dại; Bệnh cúm; Bệnh COVID-19; Các bệnh truyền nhiễm khác theo khuyến cáo của Tổ chức Y tế Thế giới và được Bộ trưởng Bộ Y tế quyết định.
Thông tư 13/2026/TT-BYT cũng quy định việc tổ chức tiêm chủng thường xuyên, tiêm chủng bù liều, tiêm chủng chiến dịch chủ động và tiêm chủng chống dịch; chế độ thông tin, báo cáo về hoạt động tiêm chủng; việc quản lý đối tượng tiêm chủng và Hội đồng tư vấn chuyên môn đánh giá nguyên nhân tai biến nặng trong quá trình sử dụng vắc xin, sinh phẩm.
