Cụ thể, các bệnh viện cần xây dựng phương án và chuẩn bị các vật dụng chứa nước sạch, phương tiện, dụng cụ xử lý môi trường, xử lý nước, đảm bảo vệ sinh cá nhân... theo hướng dẫn của Bộ Y tế.

Bố trí nhân lực, đảm bảo dự trữ và cung cấp đủ thuốc, hóa chất, trang thiết bị xử lý nước, xử lý môi trường.

Khi bão, lũ xảy ra cần thường xuyên kiểm tra, theo dõi tình hình ngập lụt, tình hình vệ sinh môi trường và quản lý chất thải trong các cơ sở y tế; ​Thực hiện thau rửa và khử trùng bể chứa, dụng cụ chứa nước ăn uống, sinh hoạt; di chuyển các thùng đựng chất thải rắn y tế lên vị trí cao, tăng cường khử khuẩn nước thải y tế bằng chế phẩm khử khuẩn đã được Bộ Y tế cấp giấy chứng nhận đăng ký lưu hành còn hiệu lực tại các vùng bị ngập lụt.

Việc quản ướp, khâm liệm và lưu giữ thi hài (nếu có) phải đảm bảo vệ sinh theo quy định tại Thông tư số 02/2009/TT-BYT ngày 26/5/2009 về hướng dẫn vệ sinh trong hoạt động mai táng và hỏa táng. Trường hợp thi hài có hiện tượng bốc mùi hoặc thối rữa thì phải xử lý bằng hóa chất sát khuẩn và phải được bao gói kín để tránh gây ô nhiễm môi trường và phát sinh dịch bệnh, hướng dẫn người dân chọn nơi đất cao không bị ngập nước để chôn cất thi hài hoặc đưa đến lò hỏa táng càng sớm càng tốt.

Ngay sau khi nước rút, cần triển khai tổng vệ sinh môi trường trong khoa phòng và ngoại cảnh, khu vực lưu giữ chất thải và các khu vực bị ngập lụt để hoạt động khám chữa bệnh được diễn ra bình thường.