Theo Dự thảo Luật Thủ đô (sửa đổi), các bệnh viện thuộc bộ, cơ quan nhà nước ở Trung ương đóng trên địa bàn Thủ đề sẽ được chuyển giao về thành phố Hà Nội quản lý, trừ các bệnh viện thuộc Bộ Quốc phòng, Bộ Công an và bệnh viện các trường đại học.
Mặc dù việc phân hạng và duy trì các bệnh viện thuộc Bộ Y tế là mô hình không phù hợp và phổ biến trên thế giới. Tuy nhiên, nhìn vào thực tế ở nước ta, phần lớn các chuyên gia đầu ngành đều thống nhất chung một quan điểm cần thiết giữ lại các bệnh viện trực thuộc Bộ, do Bộ quản lý trên địa bàn Hà Nội.
Lý do mà các chuyên gia đưa ra là các bệnh viện tuyến trung ương hiện nay bên cạnh công tác khám chữa bệnh tuyến cuối, còn thực hiện các nhiệm vụ quan trọng khác như: đào tạo, chỉ đạo tuyến, cập nhật các kỹ thuật tiên tiến của thế giới về thực hiện nhuần nhuyễn trước khi chuyển giao cho tuyến dưới, hợp tác quốc tế.
Để các bệnh viện này thuộc Bộ Y tế, các đơn vị sẽ có vị thế hơn rất nhiều trong việc hợp tác quốc tế và tiếp nhận chuyển giao công nghệ từ các nước phát triển. Không chỉ vậy, các bệnh viện trực thuộc Bộ Y tế còn là cánh tay nối dài trong hoạt động khám chữa bệnh và phòng chống dịch bệnh.
Với mô hình do Hà Nội quản lý, ưu tiên hàng đầu sẽ dành cho việc phục vụ cộng đồng dân cư Thủ đô. Điều này sẽ dẫn tới nguy cơ gia tăng khoảng cách chênh lệch về năng lực y tế cũng như thực trạng sức khỏe giữa Hà Nội, vùng Thủ đô với những tỉnh trung du, miền núi (vốn đang được các cơ sở y tế tuyến cuối của Bộ Y tế bù đắp).
Ngoài ra, mô hình này cũng sẽ ảnh hưởng rất tiêu cực tới khả năng điều phối nhanh của Bộ Y tế trong trường hợp khẩn cấp về y tế, thay vì có thể nhanh chóng điều động nguồn lực sẵn có của mình, Bộ Y tế sẽ phải tham vấn với UBND Hà Nội để huy động các nguồn lực y tế của Hà Nội nhằm hỗ trợ các địa phương khác.
Cùng đó, không chỉ tác động đến hệ thống y tế chung cả nước mà còn tác động trực tiếp tới hệ thống y tế Hà Nội. Việc gia tăng nhanh chóng số giường bệnh chăm sóc chuyên sâu tuyến cuối có thể làm hệ thống Y tế Hà Nội mất cân đối (do tỷ trọng giường bệnh chuyên sâu trên tổng giường bệnh cao) và có nguy cơ dư thừa cung dịch vụ chăm sóc chuyên sâu so với dân số phục vụ, điều này không phù hợp với mục tiêu xây dựng hệ thống y tế Thủ đô phát triển hiện đại và phù hợp với quy mô dân số.
Để tiết kiệm nguồn lực và tăng cường hiệu quả, tránh cạnh tranh dẫn đến lãng phí, nhiều ý kiến đề xuất, Hà Nội cần ban hành các chính sách tổng thể, phân vai và phối kết hợp vai trò của 3 lĩnh vực: cơ sở y tế trực thuộc trung ương hoặc trường đại học y - dược; cơ sở y tế trực thuộc Hà Nội và cơ sở y tế tư nhân trong chiến lược chăm sóc sức khỏe cho người dân tại thủ đô.
