Được thành lập vào năm 2006 bởi Chủ tịch sáng lập Đỗ Quang Hiển, đội bóng với tên gọi CLB Hà Nội T&T xuất phát từ giải hạng Ba, cấp độ thấp nhất trong hệ thống thi đấu quốc gia. CLB vượt qua những hạn chế, khó khăn ban đầu, và làm nên kỳ tích ba năm thăng ba hạng, tạo nên câu chuyện thăng tiến ấn tượng nhất lịch sử bóng đá Việt Nam, trước khi giành chức vô địch V.League lần đầu tiên vào năm 2010.

Sau 10 năm thành lập (2006-2016), Hà Nội T&T chính thức đổi tên thành CLB bóng đá Hà Nội (CLB Hà Nội). Đây là một bước ngoặt trong lịch sử đội bóng. Việc đổi tên đi kèm với sự thay đổi toàn diện, bao gồm màu áo tím đặc trưng và logo mới mang biểu tượng Khuê Văn Các, với mục tiêu đưa đội bóng trở thành tài sản chung của Hà Nội, một phần trong văn hóa thủ đô nghìn năm văn hiến.

Với danh xưng mới, kỷ nguyên rực rỡ trong lịch sử CLB Hà Nội cũng chính thức mở ra với liên tiếp các danh hiệu, bao gồm chức vô địch V.League 2016, 2018, 2019, 2022; Cúp Quốc gia 2019, 2020, 2022; Siêu Cúp Quốc gia 2018, 2019, 2020, 2022. Từ con số 0 khi thành lập, CLB Hà Nội đã vươn lên, xác lập vị thế đội bóng giàu thành tích nhất kỷ nguyên chuyên nghiệp với 6 chức vô địch V.League, 3 Cúp Quốc gia 5 Siêu cúp Quốc gia. CLB Hà Nội cũng là đội bóng có cầu thủ đoạt số Quả bóng Vàng Việt Nam nhiều nhất (7), sở hữu nhiều Vua phá lưới V.League nhất (7) và là CLB Việt Nam chơi nhiều trận nhất tại các cúp châu lục (49).

Nhiều năm kiên trì với chiến lược cốt lõi là đào tạo trẻ, các thế hệ cầu thủ CLB Hà Nội đã trưởng thành với tài năng, đạo đức và tư duy hiện đại, mang lại thành công cho đội bóng thủ đô mà còn đóng góp vào những cột mốc lịch sử của các cấp độ Đội tuyển Quốc gia. Đó là Dương Hồng Sơn, thủ môn xuất sắc nhất AFF Cup 2008, giải đấu mà ĐT Việt Nam lần đầu lên ngôi ở đấu trường Đông Nam Á; Phạm Thành Lương, người 4 lần đoạt Quả bóng Vàng Việt Nam, nằm trong tốp 4 cầu thủ ra sân nhiều nhất cho đội tuyển; là Nguyễn Văn Quyết, đội trưởng ĐT Việt Nam trong chức vô địch AFF Cup 2018; Đỗ Duy Mạnh, đội trưởng nâng cao chiếc Cúp vô địch ASEAN Cup 2024, Nguyễn Quang Hải, Đoàn Văn Hậu, Đỗ Hùng Dũng, Phạm Tuấn Hải, Nguyễn Hai Long… những người góp phần vào các chiến tích đáng nhớ tại U23 châu Á 2018, Asiad 2018, chức vô địch AFF Cup 2018, 2024, Vòng loại thứ ba World Cup 2022. Mới đây, thầy trò HLV Cristiano Roland khiến cả đất nước tự hào với tấm vé tham dự VCK U17 World Cup 2026.

Ghi nhận những đóng góp bền bỉ của CLB Hà Nội trong xây dựng mô hình quản trị bóng đá chuyên nghiệp và đồng hành cùng sự phát triển của bóng đá Việt Nam, Đảng và Nhà nước đã quyết định trao tặng Huân chương Lao động hạng Nhì cho CLB. Cùng với Huân chương Lao động hạng Ba đã nhận năm 2018, CLB Hà Nội trở thành CLB bóng đá duy nhất trong lịch sử bóng đá Việt Nam được trao tặng cả Huân chương Lao động hạng Ba và Huân chương Lao động hạng Nhì.