Theo tư liệu lịch sử, Doãn Khuê có tự là Quang Khuê, hiệu là Bảo Quang, sinh năm Quý Dậu, tức năm 1813, người xã Ngoại Lãng, huyện Thư Trì, phủ Kiến Xương, nay là xã Song Lãng, huyện Vũ Thư, tỉnh Thái Bình. Cha của Doãn Khuê là Hàn lâm học sĩ Doãn Phác, cha mẹ mất sớm nên ông được người bác ruột là Doãn Khai cưu mang và dạy học. Vì thế Doãn Khai vừa là bác, vừa là cha, vừa là thầy dạy.
Dù nghèo khó nhưng người bác của Doãn Khuê vẫn cho cháu học hành đến nơi đến chốn. Đến năm 25 tuổi, Doãn Khuê thi đỗ Tiến sĩ khoa Mậu Tuất (1838) và được bổ chức Hàn lâm viện biên tu. Một năm sau đó được bổ làm tri phủ Ứng Hòa. Vài năm sau được về triều giữ chức Thừa chỉ rồi được thăng Phó Đô Ngự sử kiêm quyền Ngự sử đạo Lạng Bình (Lạng Sơn, Cao Bằng). Ông còn giữ chức Đốc học Nam Định, Đốc học Sơn Tây, Thương biện kiêm Hải phòng sứ, Doanh điền sứ... Cùng với các chức trên, ông còn được phong hàm: Nội các thừa chỉ, Thị giảng học sĩ, Quang lộc tự khanh... Ông phục vụ ba triều vua: Minh Mệnh, Thiệu Trị, Tự Đức, được vua Tự Đức triệu kiến và ban thẻ bài ghi hai chữ “Hiếu nghĩa”.
Với Doãn Khuê, ông làm quan không vì mục đích “vinh thân phì gia” mà vì dân vì nước, vì vậy con đường làm quan của ông không bằng phẳng, thuận buồm xuôi gió mà có nhiều chông gai trắc trở. Khi thì tự ông xin từ quan, khi thì bị cách lưu, miễn chức và cao hơn nữa là giáng chức. Khi thì ông làm quan trong triều, khi phải lên rừng núi nơi biên ải, khi xuống vùng ven biển chua mặn. Năm 1847, ông cáo ốm từ quan về quê mở trường dạy học. Tháng 9 năm 1858 thực dân Pháp đánh chiếm nước ta, đất nước lâm nguy, một người yêu nước như Doãn Khuê không thể đứng ngoài cuộc, ông đứng về phái chủ chiến, cổ vũ cho tư tưởng chống Pháp, ủng hộ những người chống Pháp. Khi Đốc học Phạm Văn Nghị tổ chức đoàn quân Nam tiến, chi viện cho miền Nam, Doãn Khuê được giao thay Phạm Văn Nghị làm quyền Đốc học Nam Định, ông đã tổ chức cho học sinh học tập võ nghệ, chuẩn bị kháng chiến. Vì vậy, ông được gọi là “vị đốc học tay bút tay gươm”.
Yêu nước và kiên quyết chống thực dân Pháp xâm lược nên Tiến sĩ Doãn Khuê đã trở lại quan trường sau hơn 10 năm về quê dạy học. Ông từ một nho sĩ, một quan văn không biết cưỡi ngựa, bắn súng, nhưng “vì thấy quốc gia hữu sự” nên phải cầm quân đi đánh giặc và ông đã chiến thắng.
Đến năm Tự Đức thứ 16 (tức 1863), Doãn Khuê được điều trở lại làm Đốc học Nam Định. Thành Nam khi ấy đang sôi sục không khí chống Pháp. Triều đình Huế lúc đó làm ngơ trước những đòi hỏi chính đáng của tầng lớp sĩ phu và nhân dân, tiếp tục nhượng bộ Pháp. Doãn Khuê muốn từ chức, tiến cử người thay nhưng không được chấp nhận. Ông còn được giao thêm chức Thương biện kiêm Hải phòng sứ, phòng thủ ven biển. Doãn Khuê lại lao vào công việc bố phòng vùng ven biển từ Ninh Bình qua Nam Định, Thái Bình ngày nay. Trong lúc đi khảo sát bố phòng vùng ven biển, Doãn Khuê thấy nhiều vùng đất còn hoang hóa, ông đã tấu trình về triều xin cho binh lính, nhân dân các nơi đến khai hoang. Trước đề xuất ấy, Doãn Khuê được thôi chức Đốc học nhưng lại kiêm chức Doanh điền sứ. Ở chức Doanh điền sứ, Doãn Khuê đã cùng Tri huyện Chân Định Doãn Chi (con trai cả của ông) huy động nhân dân mở mang thêm đất hai huyện Tiền Hải (Thái Bình) và Nghĩa Hưng (Nam Định).
Sự nghiệp chống thực dân Pháp của ông không thành. Sau thất bại, nhiều người bị triều đình trách phạt, Doãn Khuê bị miễn chức. Năm Tự Đức thứ 26 (1874) Doãn Khuê được khôi phục chức Thương biện trông coi việc ruộng đất, khôi phục hàm Thị giảng học sĩ, tước Quang lộc tự khanh nhưng ông đã từ chối, xin về trí sĩ.
Cuộc đời của Doãn Khuê đã dành một nửa cho việc dạy học, đào tạo nhân tài cho đất nước. Những năm tháng làm quan là những năm tháng lo cho dân no đủ và để cho nước yên, Doãn Khuê đã cống hiến hết sức mình, con cháu Doãn Khuê nhiều người đã hy sinh tính mạng vì nước. Trong những năm tháng dạy học, ông dốc hết tâm huyết để đào tạo ra những học trò giỏi. Trong đó có những người tiêu biểu như Hoàng giáp Nguyễn Quang Bích (1832 - 1890) quê làng Trình Phố, huyện Chân Định (nay là xã An Ninh, huyện Tiền Hải) làm đến Thượng thư bộ Lễ, Phạm Huy Quang (1846 - 1888) quê làng Phù Lưu, huyện Đông Quan (nay thuộc xã Đông Sơn, huyện Đông Hưng) đỗ cử nhân (1868), một thủ lĩnh chống Pháp tiêu biểu ở Thái Bình… và nhiều học trò của Doãn Khuê thành đạt trên nhiều lĩnh vực khác.
Cái đức của Doãn Khuê còn đáng quý ở tấm lòng của ông với học trò. Ông đã tiến cử Nguyễn Quang Bích, Nguyễn Huy Quỳnh học trò mình với vua Tự Đức và những người này đều được trọng dụng, không phụ lòng thầy và trở thành những người có công với nước.
Tiến sĩ, quan Đốc học Doãn Khuê không chỉ góp phần đào tạo nhân tài cho đất nước mà còn để lại nhiều tác phẩm cùng những tư tưởng về nghề thầy, về việc học. Hậu duệ họ Doãn sau này luôn tự hào và nâng cao ý thức tiếp thu, tiếp nối những tư tưởng của bậc tiền bối.
Làm quan thì yêu nước, thương dân; làm thầy thì đào tạo nhiều hiền tài cho đất nước; vừa là Đốc học, vừa là Đốc binh; vừa làm thầy dạy, vừa tổ chức khai hoang lấn biển, để lại cho đời một tấm gương tiết tháo của con người cương trực, vì nước, yêu dân, Doãn Khuê được sử sách lưu danh là nhà yêu nước kiệt xuất, nhà giáo tài ba, nhà canh tân đất nước, một danh nhân rạng ngời phẩm hạnh, công danh từng được ngợi ca như một ngôi sao sáng trên bầu trời văn hiến Việt Nam vào thế kỷ XIX.
Tiến sĩ, quan Đốc học Doãn Khuê có nhiều đóng góp cho đất nước. Với công mở mang việc học, đào tạo nhân tài, thau chua rửa mặn, cải tạo đồng đất ven biển ở các tỉnh Thái Bình, Nam Định và Ninh Bình ngày nay nên ông được phong làm thành hoàng của nhiều làng. Tên ông cũng được đặt cho nhiều ngôi trường ở Nam Định, Hải Phòng. Quan điểm của ông về việc học, việc đọc vẫn còn nguyên giá trị đến ngày nay.
