Có 10 đội nam (trừ Brunei) sẽ chia làm 2 bảng, thi đấu vòng tròn 1 lượt chọn ra 4 đội xuất sắc nhất vào bán kết. Tuyển U23 Việt Nam cùng với U23 Thái Lan sẽ là hạt giống của 2 bảng, mỗi đội một lần vô địch trong 2 kỳ gần nhất. Nhóm 2 gồm: Indonesia - Malaysia, nhóm 3: Myanmar - Campuchia, nhóm 4: Philippines - Singapore, nhóm 5: Lào - Timor Leste.
Với việc phân nhóm hạt giống như trên, U23 Việt Nam sẽ không phải quyết đấu U23 Thái Lan ngay từ vòng bảng. Vòng bảng bóng đá nam SEA Games 31 khởi tranh từ ngày 6/5 tới 16/5, trong đó bảng của Việt Nam thi đấu vào các ngày 6, 8, 10, 13 và 15/5 và bảng B tranh vào các ngày 7, 9, 11, 14, 16/5.
Bảng A sẽ được tổ chức tại sân Việt Trì (Phú Thọ), còn bảng B sẽ diễn ra trên sân Thiên Trường (Nam Định). Nếu như U23 Việt Nam lọt vào bán kết sẽ được ưu tiên thi đấu trên sân Việt Trì, trận bán kết còn lại sẽ được tổ chức ở sân Thiên Trường. Trận chung kết và tranh hạng ba sẽ diễn ra ngày 22/5 trên sân Mỹ Đình. Các trận sẽ thi đấu theo khung giờ 16h (tranh hạng ba) và 19h (chung kết).
BTC đại hội vẫn chưa đi đến quyết định cuối cùng về việc ở môn bóng đá, mỗi đội được phép đăng ký tối đa bao nhiêu cầu thủ, giữ nguyên 20 cầu thủ như các kỳ SEA Games trước hoặc nâng lên 30 hay hơn. VFF cho hay, tổ chức này đang báo cáo với AFC về việc mỗi đội được đăng ký 20 cầu thủ nhưng nếu có F0, mỗi đội được quyền thay thế cầu thủ khác nằm trong danh sách 50 cầu thủ sơ bộ.
