Hiện nay, chế độ ưu tiên thủ tục hải quan không có quy định riêng với doanh nghiệp vừa và nhỏ mà là chế độ chung đối với các doanh nghiệp đáp ứng tiêu chuẩn theo quy định pháp luật.

Theo quy định tại Điều 43 Luật Hải quan 2014 và Điều 9 Nghị định 08/2015/NĐ-CP được bổ sung bởi khoản 6 Điều 1 Nghị định 59/2018/NĐ-CP thì chế độ ưu tiên đối với doanh nghiệp thực hiện thủ tục hải quan sẽ được thực hiện như sau:

- Miễn kiểm tra chứng từ lên quan thuộc hồ sơ hải quan, miễn kiểm tra thực tế hàng hóa trong quá trình thực hiện thủ tục hải quan;

- Làm thủ tục hải quan bằng tờ khai hải quan chưa hoàn chỉnh hoặc chứng từ thay thế tờ khai hải quan;

- Ưu tiên khi thực hiện thủ tục thuế đối với hàng hóa;

- Ưu tiên thủ tục giao nhận hàng hóa trước, ưu tiên kiểm tra giám sát trước;

- Nếu hàng hóa phải kiểm tra chuyên ngành thì được đưa hàng hóa về kho của doanh nghiệp trong khi chờ kết quả kiểm tra;

- Được miễn kiểm tra sau thông quan tại trụ sở cơ quan hải quan.

Căn cứ vào Điều 42 Luật Hải quan 2014, doanh nghiệp sẽ được áp dụng chế độ ưu tiên thực hiện thủ tục hải quan khi đáp ứng các điệu kiện sau:

- Tuân thủ pháp luật về hải quan, về thuế trong 02 năm liên tục;

- Kim ngạch xuất nhập khẩu hằng năm đạt mức quy định;

- Thực hiện thủ tục hải quan điện tử, thủ tục thuế điện tử;

- Có chương trình công nghệ thông tin quản lý hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu của doanh nghiệp nối mạng với cơ quan hải quan;

- Thực hiện thanh toán qua ngân hàng;

- Có hệ thống kiểm soát nội bộ;

- Chấp hành tốt quy định của pháp luật về kế toán, kiểm toán.

Quy định rõ ràng song theo luật sư Lê Anh Văn – Giám đốc Trung tâm hỗ trợ pháp luật và phát triển nguồn nhân lực doanh nghiệp nhỏ và vừa vẫn gặp khó khăn khi tiếp cận chế độ ưu tiên thủ tục hải quan: "Khi các hiệp định thương mại chúng ta ký kết đã tương đối đầy đủ, hội nhập sâu rộng. Tuy nhiên doanh nghiệp nhỏ và vừa chưa hiểu nhiều về quy định mã số hàng hóa, biểu mẫu thuế quan... Quá trình xuất nhập khẩu hàng hóa, doanh nghiệp nhỏ và vừa cũng gặp vướng mắc trong việc thực thi thủ tục."

Luật sư Nguyễn Quang Ngọc - Giám đốc Công ty luật Quốc Tế Thiên Việt đưa ra lý giải: "Bản thân doanh nghiệp nhỏ và vừa không có đội ngũ có chuyên môn sâu về lĩnh vực làm thủ tục hải quan. Những ưu đãi liên quan đến thông quan, kiểm tra, những thủ tục liên quan đến hạng mục công nghệ đầy đủ để làm thủ tục hải quan điện tử… về cơ bản doanh nghiệp nhỏ và vừa đang thiếu và yếu. Vì quy mô của doanh nghiệp nhỏ và vừa cũng như nguồn lực về tài chính hạn chế hơn so với doanh nghiệp lớn."

Đầu tháng 9 năm nay, trong diễn đàn Hải quan Việt Nam: Tạo động lực mới cho doanh nghiệp phục hồi và bứt phá được tổ chức tại Hà Nội, Phó Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan Hoàng Việt Cường cho biết ngành Hải quan xác định công tác cải cách, đơn giản hóa thủ tục hành chính, hiện đại hóa hải quan, tạo thuận lợi cho hoạt động thương mại là nhiệm vụ trọng tâm, xuyên suốt, qua đó tạo động lực mới cho doanh nghiệp phục hồi và bứt phá, tiếp tục đóng góp cho tăng trưởng kinh tế.

"Tôi cho rằng với hỗ trợ của hải quan, những thủ tục kiểm tra sau thông quan của hải quan với doanh nghiệp nhỏ và vừa, hỗ trợ liên quan đến hạ tầng điện tử để khai báo hải quan sẽ đơn giản hơn, tạo điều kiện cho doanh nghiệp nhỏ và vừa tiếp cận, đơn giản hóa thủ tục hải quan. Tôi cho rằng phải có công bằng giữa doanh nghiệp nhỏ và vừa với doanh nghiệp lớn, như vậy vừa đơn giản cho quản lý hải quan vừa tạo điều kiện cho doanh nghiệp nhỏ và vừa phát triển." - Luật sư Nguyễn Quang Ngọc - Giám đốc Công ty luật Quốc tế Thiên Việt kỳ vọng.

Theo ông Ngô Văn Hiếu, Công ty thương mại vận chuyển xuất nhập khẩu TA, được hưởng chế độ ưu tiên thủ tục hải và những thuận lợi từ cải cách thủ tục hải quan đem lại nhiều lợi ích cho doanh nghiệp: "Tôi thấy việc thay đổi rất tốt, giúp doanh nghiệp có thể thông quan hàng hóa nhanh hơn. Như công ty chúng tôi chuyên xuất khẩu nông sản, mặt hàng chính là sầu riêng, thì hiện tại thời gian thông quan có thể trong vòng 1 buổi sáng. Điều đó giúp cho những doanh nghiệp như chúng tôi có thể uy tín hơn."

Luật sư Nguyễn Quang Ngọc cho rằng để sự đồng hành Hải quan - Doanh nghiệp ngày càng hiệu quả ngoài nỗ lực của ngành Hải quan, không thể thiếu sự tham gia tích cực của các bộ, ngành, các Hiệp hội và đặc biệt là sự tham gia tích cực của cộng đồng doanh nghiệp, đặc biệt là chính các doanh nghiệp nhỏ và vừa: "Bản thân các doanh nghiệp khi muốn được áp dụng thủ tục điện tử thì cần minh bạch về thuế, đáp ứng các tiêu chí về hạ tầng viễn thông, điện tử để khai báo được, phải có đội ngũ chuyên môn tốt. Tôi cho rằng doanh nghiệp nhỏ và vừa có thể làm được với sự hỗ trợ của nhà nước."