Về chi phí khám chữa bệnh, đối với bệnh Covid-19, ngân sách nhà nước sẽ chi trả bao gồm tiền khám bệnh, tiền giường, dịch vụ kỹ thuật, thuốc (trừ thuốc Remdesivir 100 mg, Molnupiravir 400 mg đã được Sở Y tế cấp), máu, dịch truyền... bệnh viện không được thu thêm tiền của người bệnh.

Về các chi phí liên quan điều trị Covid-19, Sở Y tế TP.HCM tạm thanh toán cho cơ sở y tế tư nhân các chi phí bao gồm tiền ăn uống 80.000 đồng và phí sinh hoạt 40.000 đồng mỗi người bệnh một ngày. Trường hợp F0 tại cơ sở y tế tư nhân tử vong, ngân sách nhà nước sẽ chi trả các chi phí mai táng tương tự như các bệnh viện công lập, không quá 17 triệu đồng một ca.

Về phụ cấp chống dịch, nhân viên của các cơ sở y tế tư nhân được phân công tham gia phòng, chống dịch Covid-19 được hưởng các chế độ phụ cấp chống dịch tương tự nhân viên y tế cơ sở công lập, với mức 200.000-300.000 đồng/người/ngày tùy công việc.

Theo Sở Y tế TP. Hồ Chí Minh, với các chi phí khác theo yêu cầu ngoài phạm vi chi trả của ngân sách (tiền phòng, tiền ăn, các dịch vụ tiện ích tăng thêm khác theo yêu cầu của người bệnh...), bệnh viện tư được thu theo mức giá thỏa thuận, không vượt quá mức giá mà bệnh viện đã kê khai với Sở Y tế.

Các bệnh viện tư phải công khai giá dịch vụ khám chữa bệnh, thuốc, vật tư y tế, các dịch vụ tiện ích theo yêu cầu.

Thời gian qua, 95 cơ sở y tế của TP. Hồ Chí Minh, trong đó có 11 bệnh viện tư nhân chuyển đổi công năng một phần hoặc toàn phần để điều trị Covid-19. Theo Sở Y tế TP. Hồ Chí Minh, các bệnh viện tư nhân tham gia điều trị F0 đã bổ sung thêm nguồn lực y tế, cơ sở vật chất và góp phần giảm quá tải cho bệnh viện công lập, khống chế được dịch bệnh.

Vấn đề chi phí điều trị bệnh nhân Covid-19 tại các cơ sở y tế tư nhân đang gặp nhiều vướng mắc. Lãnh đạo TP.HCM ngày 23/8 kiến nghị Bộ Tài chính và Bộ Y tế, ngày 8/9 kiến nghị Thủ tướng cho phép cơ sở y tế tư nhân thu phí dịch vụ điều trị Covid-19. Ngày 22/9, Sở Y tế TP.HCM gửi UBND thành phố đề xuất 3 cơ chế thu phí điều trị Covid-19 tại bệnh viện tư. Đến nay, thành phố vẫn chưa nhận được ý kiến trả lời hay văn bản hướng dẫn của cơ quan có thẩm quyền.