Tham dự vòng loại có 18 đội bóng và chia thành 3 bảng. Các trận đấu vòng loại sẽ diễn ra từ ngày 2/12 đến 12/12, với 5 lượt đấu vào các ngày 2/12, 4/12, 7/12, 10/12 và 12/12. Các đội trong từng bảng sẽ thi đấu vòng tròn 1 lượt tính điểm xếp hạng, chọn ra 6 đội xếp nhất, nhì của 3 bảng và 1 đội thứ 3 có thành tích tốt nhất cùng với đội đăng cai thi đấu vòng chung kết. Trường hợp đội bóng đại diện nơi đăng cai vòng chung kết có mặt trong nhóm 7 đội có thành tích tốt nhất vòng loại thì đội thứ ba có thành tích phụ tốt thứ nhì của 3 bảng sẽ giành quyền lọt vào chung kết. Vòng chung kết giải U21 quốc gia 2021 dự kiến diễn ra từ ngày 16 đến 25/12, tại trung tâm PVF.
Có thể nói, vòng loại lần này sẽ vô cùng gay cấn. 5 lượt đấu của mỗi đội đều là 5 trận chiến đầy cam go, ngoài việc giúp cho các cầu thủ được cọ xát tích lũy thêm kinh nghiệm mà còn là cuộc tranh tài hấp dẫn và sôi nổi trong việc tranh chấp ngôi thứ lọt vào VCK, đồng thời giúp cho Liên đoàn bóng đá Việt Nam phát hiện thêm những tài năng mới bổ sung cho đội tuyển U23 Việt Nam chuẩn bị cho các nhiệm vụ quốc tế trong năm sau như: SEA Games 31 (dự kiến vào tháng 5), Vòng chung kết U23 châu Á (tháng 6) và ASIAD Hàng Châu (tháng 9).
Liên quan đến công tác chuẩn bị cho giải đấu, LĐBĐVN và Ban tổ chức giải cùng với đại diện địa phương đăng cai vòng chung kết cũng đã có cuộc họp rà soát công tác chuẩn bị và nhất là các điều kiện đảm bảo an toàn về y tế để giải có thể tiến hành thuận lợi và đảm bảo an toàn nhất.
Kết quả bốc thăm:
Bảng A: Hà Nội – Đông Á Thanh Hóa – HAGL – Khánh Hòa – Gia Định – Đồng Nai
Bảng B: PVF Hưng Yên – Nam Định – SHB Đà Nẵng – Thừa Thiên Huế – TP.HCM – Đồng Tháp
Bảng C: Viettel – SLNA – Học viện NutiFood – Becamex Bình Dương- Quảng Nam – Bến Tre
