Vào cuối thế kỷ 19, sau khi chiếm xong một phần Bắc kỳ, tháng 8/1883, thực dân Pháp tấn công cửa biển Thuận An để buộc triều đình Huế phải ký các hiệp ước bán nước. Trong bối cảnh đó, nội bộ nhà Nguyễn chia làm 2 phe, phe thân Pháp và phe chủ chiến do Thượng thư Bộ binh Tôn Thất Thuyết đứng đầu kiên quyết đánh đuổi quân thực dân Pháp xâm lược. Cũng từ đây quan Phụ chính đại thần Tôn Thất Thuyết trở thành trụ cột của phong trào Cần Vương.

Tôn Thất Thuyết sinh ngày 29 tháng 3 năm Kỷ Hợi (tức ngày 12/5/1839) tại làng Phú Mộng, bên bờ sông Bạch Yến, thuộc kinh thành Huế, nay là thôn Phú Mộng, phường Kim Long, thành phố Huế. Ông là con thứ hai của Đề đốc Tôn Thất Đính và bà Văn Thị Thu và là cháu 5 đời của Hiền vương Nguyễn Phúc Tần.

Nối nghiệp cha, cuộc đời Tôn Thất Thuyết gắn liền với binh nghiệp. Năm 1869, ông giữ chức Án sát tỉnh Hải Dương. Tháng 7/1870 được sang làm biện lý Bộ Hộ và sau đó giữ chức Tán tương giúp Tổng thống quân vụ đại thần Hoàng Kế Viêm "dẹp loạn" ở các tỉnh phía Bắc. Sau chiến dịch này, Tôn Thất Thuyết được phong chức "Quang lộc tự khanh" và làm Tán lý quân thứ Thái Nguyên. Tháng 12/1870, ông chỉ huy đánh dẹp nhóm Đặng Chí Hùng ở Thái Nguyên, đánh tan quân Tàu Ô ở Hải Dương (1872); đánh thắng toán giặc khách ở Quảng Yên tháng 8/1872; tháng 12/1873 ông cùng Hoàng Kế Viêm phục binh tại Cầu Giấy (Hà Nội) giết chết viên chỉ huy quân sự trong đợt thực dân Pháp tiến đánh miền Bắc lần thứ nhất là đại úy Garnier.

Với những chiến công này, Tôn Thất Thuyết được vua Tự Đức cho thăng tiến nhanh. Tháng 4/1874, ông giữ chức Tuần vũ tỉnh Sơn Tây kiêm Tham tán đại thần; Hiệp đốc quân vụ Đại thần; Thượng thư Bộ Binh. Năm 1883, Tôn Thất Thuyết được cử vào Cơ mật viện. Ngày 19/7/1883, trước khi băng hà, vua Tự Đức chọn Tôn Thất Thuyết làm Đệ tam Phụ chính đại thần cùng với Nguyễn Văn Tường và Trần Tiễn Thành để giúp Dục Đức kế vị ngôi vua. Theo TS Nguyễn Quang Trung Tiến, Khoa Lịch sử Trường Đại học khoa học Huế, Tôn Thất Thuyết có những tính cách đặc biệt nên khiến có những hiểu lầm: “Theo ghi chép qua các tư liệu lịch sử Tôn Thất Thuyết là người ít nói, nhưng cương quyết, khẳng khái, thích lời ngay thẳng không ưa xu nịnh. Ông có sự quả quyết đôi lúc hơi tàn nhẫn liên quan đến việc trừng trị đối phương. Ngay cả những người trong cung cũng ngại ông. Tuy nhiên, ở cương vị là một vị tướng đem quân đi dẹp các nhóm nổi dậy và ăn cướp hãm hại dân chúng thì không thể nhân nhượng, nhu mì được”.

Với chức Phụ chính đại thần, Tôn Thất Thuyết và Nguyễn Văn Tường đã nhiều lần làm việc phế lập. Phế Dục Đức, đưa Hiệp Hòa, Kiến Phúc và Hàm Nghi lên ngôi chỉ trong một thời gian ngắn nhằm tìm ra những thủ lĩnh tinh thần cùng chí hướng kháng thực dân Pháp. Tôn Thất Thuyết trở thành đối tượng cần thanh toán số một của người Pháp. Trong tình thế luôn bị thực dân Pháp loại bỏ, Tôn Thất Thuyết đã chủ động ra tay trước bằng cuộc tấn công quân Pháp tại Huế đêm ngày 4/7/1885, mà sau này đây được coi là “sự biến kinh thành Huế”.

Tuy nhiên, cuộc đánh úp đã bị thất bại. Mặc dù vậy nhưng phe chủ chiến không đầu hàng. Tôn Thất Thuyết sau đó đưa Vua Hàm Nghi ra thành Tân Sở ở Quảng Trị tiếp tục con đường kháng Pháp đấu tranh giành chủ quyền. Vua Hàm Nghi với sự hỗ trợ của Tôn Thất Thuyết đã ban dụ Cần Vương thể hiện quyết tâm. Lời dụ nhấn mạnh "người giàu đóng góp tiền của, người mạnh khoẻ đóng góp sức lực, người can đảm đóng góp cánh tay, để lấy lại đất nước trong tay quân xâm lược". Hịch Cần Vương có ý nghĩa khơi dậy dân chúng và thể hiện vai trò của Phụ chính đại thần Tôn Thất Thuyết. TS Nguyễn Quang Trung Tiến phân tích: “Vua Hàm Nghi xuống dụ Cần Vương kêu gọi sĩ phu yêu nước giúp vua đánh giặc. Tất nhiên về mặt danh nghĩa là dụ của vua Hàm Nghi nhưng ai ai cũng biết tinh thần linh hồn của cuộc chiến đấu và cả việc khởi thảo dụ Cần Vương là do Tôn Thất Thuyết”.

Do chênh lệch về lực lượng nên cuộc chiến vào giai đoạn bế tắc, Tôn Thất Thuyết muốn ra Bắc bàn bạc phối hợp hoạt động với các phong trào yêu nước và tìm đường sang Trung Quốc nhờ sự giúp đỡ của nhà Thanh. Vất vả, gian khó lắm Tôn Thất Thuyết mới đến được phương Bắc nhưng triều Mãn Thanh lúc này cũng không có sức để bảo vệ chính mình và cũng đã ký hòa ước với Pháp nên việc cầu viện của Tôn Thất Thuyết thất bại. Không thể về nước được, ông bị giam lỏng tại một ngôi nhà nhỏ trên ngọn đồi Long Châu thuộc Quảng Đông, Trung Quốc. Từ đó ngày ngày Tôn Thất Thuyết lên núi, vào vườn nhà vung gươm chém đá để trút nỗi phẫn uất, vì vậy người dân địa phương gọi ông là Trảm thạch hầu (ông quan chém đá) hoặc Đả thạch lão (ông già đánh đá). Tôn Thất Thuyết sống trong uất hận buồn khổ như thế và qua đời tại Long Châu vào ngày 22/9/1913.

Những nhân sĩ Trung Hoa cảm phục nghĩa khí của ông đã đến phúng điếu rất đông, họ có câu đối viếng như sau:

"Thù nhung bất cộng đái thiên, vạn cổ phương danh lưu Tượng Quận

Hộ giá biệt tầm tĩnh địa, bách niên tàn cốt ký Long Châu".

Nghĩa là:

"Thù Tây không đội trời chung, muôn thuở danh thơm lưu đất Việt

Giúp vua riêng tìm cõi thác, trăm năm cốt rụi gởi Long Châu".

Tôn Thất Thuyết được phối thờ tại Phủ thờ của dòng họ. Theo nhà nghiên cứu Tôn Thất Phước, cũng là hậu duệ của Tôn Thất Thuyết, Phủ thờ này được chính Tôn Thất Thuyết cho xây dựng khoảng năm Tự Đức thứ 19 (1866) với ý nghĩa phụng thờ tổ tiên. Sau ngày Tôn Thất Thuyết mất, dòng họ lấy Phủ này làm nơi thờ ông.

Với triều đình nhà Nguyễn, Tôn Thất Thuyết là bậc tôi trung, là quan Phụ chính đại thần yêu nước. Với dòng họ và con cháu, ông là một tấm gương xứng đáng cho đời sau ngưỡng mộ. Nhưng vẫn còn một niềm mong mỏi đau đáu với các con cháu trong dòng họ, đó là làm sao tìm được nhiều thư vật, kỷ vật của cụ cũng như đưa hài cốt của cụ về quê hương.

Theo các nhà nghiên cứu lịch sử, phong trào Cần Vương là một cuộc đấu tranh do các sĩ phu văn thân yêu nước, có mục tiêu rõ ràng là đấu tranh giành chủ quyền, có lãnh đạo cấp cao là quan đầu triều và cả hoàng đế Hàm Nghi nhưng còn thiếu nhiều điều kiện về phương pháp chính trị cũng như kinh nghiệm chiến đấu, dẫn tới sự thất bại.

Dù không giành lại được độc lập dân tộc từ tay thực dân Pháp cuối thế kỷ 19, nhưng phong trào Cần Vương cũng để lại những bài học giá trị trong lịch sử đấu tranh giải phóng dân tộc ở nước ta như phải xây dựng được sức mạnh khối đại đoàn kết dân tộc, phải có một ngọn cờ lãnh đạo thống nhất, có lực lượng và đường lối chính trị để đi tới thắng lợi cuối cùng.

Và dù có những thăng trầm nhưng Thượng thư Bộ binh Tôn Thất Thuyết vẫn luôn là một tấm gương về lòng yêu nước, kiên định với con đường giành độc lập dân tộc.